上海社会科学院经济研究所的前身是中国科学院上海经济研究所，创建于1956年。
首任所长：中国科学院首批学部委员沈志远，副所长：黄逸峰、吴承禧。
根据中国科学院的有关要求，上海经济研究所成立之初的研究定位为：资本主义工商业的社会主义改造、上海资本主义工商业历史资料收集整理与研究、社会主义政治经济学研究。
自筹备起，经济所所址先后历经上海市高安路9弄3号、上海市靖江路15号、上海市徐家汇蒲西路6号甲、上海市陕西北路186号、上海市万航渡路1575号、上海市陕西北路186号。
1958年9月，经济研究所并入新成立的上海社会科学院，改属地方建制的研究机构，先是受中国科学院上海分院和上海社会科学院双重领导，一直延续至1959年8月，完全从中国科学院划出。
1959年初，中共上海市委决定，将上海社会科学院的定位由研究和教育机构改为科学研究机构。同年6月，先前已并入上海社会科学院所属的业余大学、财政信贷系、工业经济系、贸易经济系、会计系和统计系的原上海财经学院的教职员工，除了业余大学和部分教学人员回归上海财经学院以外，大部分进入了扩大的经济研究所。1959年8月，市委任命副院长姚耐兼任经济研究所所长；庞季云、黄逸峰为副所长；1961年6月，市委任命孙怀仁为副所长。
经济研究所从建立初年的44人，至1959年扩展至近200人，云集了当时经济学界一批知名的专家学者，其中有二级教授9位：吴承禧、孙怀仁、褚葆一、褚凤仪、周伯棣、杨荫溥、王惟中、龚清浩、邹依仁；三级、四级和五级教授30多位：娄尔行、金国宝、杨志信、贾开基、雍文远等；还有行政7级至12级的专家型高级干部10余位：沈志远、姚耐、庞季云、黄逸峰、范秉一、丁日初、蒋立、史惠康等。
1959年下半年，全所设立10个研究组，确立了经济所的研究领域为：政治经济学、工业经济、农业经济、财金会计、贸易经济、城市经济、华东地区经济、统计、经济史、国际经济。半年后，调整合并为7个主要研究领域：政治经济学、工业经济、农业经济、国际经济、城市经济、财政贸易、经济史。
经过几年的共同努力，60年代初，全所向社会奉献了一批研究专著：《论社会主义制度下价值规律的作用》（全国第一届经济理论研讨会成果）、新中国第一本《政治经济学教材》（社会主义部分）、《南洋兄弟烟草公司史料》、《恒丰纱厂的发生发展与改造》、《大隆机器厂的发生发展与改造》、《上海解放前后物价资料汇编》和《上海资本主义工商业的社会主义改造》（内部本）；公开发表了一系列研究论文。经济研究所由此成为新中国政治经济学和中国经济史学领域的研究重镇，并一直保持着经济所传统优势学科的地位。
1962年4月，经济研究所成立党组，成员：姚耐（书记）、黄逸峰、葛中平、范秉一、雍文远。1963年3月，市委任命葛中平为经济所党总支书记。
1966年6月，“文化大革命”开始，经济研究所停止正常学术研究工作，至1968年年底上海社科院建制被撤销。
1978年10月，市委宣布恢复上海社会科学院。复院后，上海社会科学院在经济学方面分设三个研究所：经济研究所、部门经济研究所、世界经济研究所。经济研究所主要研究领域明确为：政治经济学、经济史、经济思想史。所址迁至上海市淮海中路622弄7号。
1979年3月，市委任命上海社科院副院长孙怀仁兼任经济研究所所长，夏光华为副所长。经济研究所党委书记葛中平。
复院后直至2010年底，历任经济研究所所长是：孙怀仁、袁恩桢、左学金；副所长：夏光华、王亚文、张仲礼、曹麟章、李鸿江、袁恩桢、沈祖炜、周振华、蒋铁柱、沈开艳等。
复院之初，经济所的员工60余人。截止2010年底，经济所人员总数为59人。这一阶段，除了像孙怀仁、王惟中、张仲礼、雍文远、马伯煌、王亚文、郑友揆、蒋立等一批德高望重、学识渊博的老一辈经济学家以外，经济研究所还涌现出了在上海甚至全国享有盛誉、成果卓著的年轻一代学者，如袁恩桢、沈祖炜、周振华、张道根、左学金、杜恂诚、张忠民等。
1979年至2010年，经济研究所先后设立的研究室及研究领域有：政治经济学研究、国民经济发展与平衡研究、情报资料研究、经济比较与发展研究、综合经济研究、市场经济研究、宏观经济与改革开放研究、微观经济研究、企业研究、上海经济与区域经济研究、就业与社会保障研究、金融与资本市场研究、公共经济与管理研究、经济景气与预测研究、人口经济研究、中国经济史研究、数量经济研究、经济思想史研究、企业史资料研究等。
复院后，经济研究所一方面继续开展“文革”前业已立项的研究课题，更进一步深入到行业、城市等研究领域。另一方面，借着改革开放的春风，对国家经济体制改革相关理论和实践进行深入调研，推出了不少创新性研究成果。主要专著有：《社会必要产品论》、《双重运行机制论》、《<资本论>专题研究》、《上海社会主义经济建设发展简史》、《商品经济与社会主义》、《中国特色社会主义经济》、《上海经济发展丛书》、《交易活动与经济关系演进》、《城市综合竞争力研究》、《上海资本主义工商业的社会主义改造》、《近代上海城市研究》、《东南沿海城市与中国近代化》、《中国洋务运动与日本明治维新在经济发展上的比较》、《上海近代工业史》、《上海金融的制度、功能与变迁》等，以及如《荣家企业史料》、《刘鸿生企业史料》、《江南造船厂厂史》等一系列行业史和企业史料等。同时，经济所开始编写和出版上海首部年度蓝皮书《上海经济发展蓝皮书》和《上海民营经济年鉴》。此外，还有大量个人专著和发表在国内外核心刊物上的论文。
截止2010年底，复院后的经济研究所承担国家级课题30余项，上海市课题60余项。研究成果获得10多个全国性奖项，60多个市级奖项。其中，《社会必要产品论》获孙冶方经济学著作奖。政治经济学、数量经济、城市发展、人口与社会保障、近现代经济史、城市史、行业史、企业史和金融史等研究，获得多项国家社会科学基金或国家自然科学基金资助立项。所里举办了各类国内外学术研讨会累计200余场，大小学术报告会400多场，出访国外进行学术交流近百人次。
经济研究所于1979年起编辑油印内部资料《经济研究动态》和《经济研究资料》。1980年，两个刊物合并改为铅印本内部资料《经济学术资料》（月刊）。1984年更名为《上海经济科学》。1985年更名为《上海经济研究》（月刊）并公开发行。
《上海经济研究》先后被评为“首届全国优秀经济期刊”、“中国人文社会科学核心期刊”、“华东地区优秀期刊”等荣誉称号，还是“中文核心期刊要目总览”和“CSSCI”的来源期刊，在国内同类刊物中享有很高的学术声誉。
1959年，经济研究所首届研究生班开学。时隔20年后，1981年，经国务院学位委员会批准，经济所成为全国首批硕士学位授权单位，拥有政治经济学、中国经济史、经济思想史等二级学科硕士学位授予点。1986年，经济所被批准为政治经济学博士学位授予权的单位。2006年，经济所被批准为理论经济学一级学科博士学位授予点，拥有下属5个二级学科博士学位授予权，理论经济学一级学科硕士学位点和统计学一级学科硕士学位点。1999年，经济所理论经济学博士后流动站设立，成为培养和输送高端经济学研究人才的重要基地。
