中心2006年共开展了八项工作，包括：（1）设立11项课题；（2）推出首本《长三角年鉴》；（3）推出《长三角联合网》大型文献数据库；（4）推出《长三角观察》（内刊）；（5）编辑出版第三年度的《长三角蓝皮书》；（6）召开《创新型国家战略与长三角区域创新》学术研讨会；（7）探索与有关城市和开发区联合建立研究基地事宜；（8）与SMG《长三角周报》合作，形成互动机制。
中心2007年工作，计划如下：（1）设立10项年度课题；（2）正式推出《长三角研究》学术型研究刊物（以书代刊）；（3）继续加强《长三角年鉴》的编辑工作；（4）全力推进《长三角联合网》内容建设工作；（5）与地方政府或开发区合作，设立调研基地（或分中心）；（6）力争推出“中国长三角发展论坛”；（7）与上海电视台长三角栏目组合作，推出长三角中小城市发展年度排行榜（最具创新活力的城市、最具增长潜力的城市、最具人居魅力的城市）；（8）编撰〈长三角区域发展报告2007-2008〉。
会议还集中研讨了泛长三角区域合作问题，特别是关于长三角泛的区域，提出应该建立“6+1”的泛长三角合作区域，并根据三院的三个研究版本，在近期形成一个同意版本，分别报三地领导。
长三角联合研究中心2007年主任会议分别由左学金常务副院长、何一峰副院长主持，宋林飞院长作致辞与总结。
