本研究室前身为中国近代史组，1978年复所后正式成立近代史研究室。文革前以中国近现代史和上海城市史资料的搜集、整理与研究为主，先后整理出版《鸦片战争末期英军在长江下游的侵略罪行》《上海小刀会起义史料汇编》《五四运动在上海史料选辑》《辛亥革命在上海史料选辑》《盛宣怀档案资料选辑》（参编）等多部史料集；1978年后本室一方面继续推进史料整理，另一方面强化具有上海特点的近代史研究，相继推出一大批重要的学术成果。史料整理方面相继推出吴乾兑先生校订的《太平军在上海——《北华捷报》选译》，汤志钧先生整理的《章太炎政论集》《康有为政论集》《陶成章集》，李华兴先生编选的《梁启超选集》，周元高、孟彭兴等编纂的《李烈钧集》，其中尤以汤志钧、汤仁泽父子编纂整理的《梁启超全集》规模最大，最具影响力；研究著作更多，包括汤志钧先生的《近代经学与政治》《戊戌变法史》，以及杨国强先生的《百年嬗蜕》《晚清的士人与世相》等一批名著。近年来，本室以近代上海史创新学科建设为契机，在前辈研究的基础上，全力构建并推进以上海为中心的中国近代史研究。

历任主任有汤志钧、吴乾兑、杨国强等，现任主任为周武。